La CRUE se ocupa también de todos aquellos temas relativos al ámbito estudiantil en sus diferentes manifestaciones: acceso a la Universidad, becas, empleo, servicios de orientación universitaria o asistencia al estudiante, entre otros.

A través de la Red Universitaria de Asuntos Estudiantes (RUNAE), otra comisión sectorial de la CRUE, se debaten propuestas que luego son elevadas a la Asamblea General para consideración de los rectores y se coordinan asimismo diversas actividades organizadas conjuntamente por todas las universidades, como jornadas, seminarios o visitas institucionales.

Entre las actividades que se realizan desde la CRUE, se destaca la gestión y coordinación del Programa de movilidad SICUE, creado por acuerdo de las universidades en 1999.