La CRUE cuenta entre sus principales tareas la de servir de foro de diálogo a los responsables de la investigación y el desarrollo (I+D) universitarios y proporcionar una adecuada coordinación entre las políticas científicas de las universidades. Dicha tarea corre a cargo de su Comisión sectorial de I+D, formada por los máximos responsables de investigación de las universidades españolas: los vicerrectores de Investigación. Su objetivo es servir de foro de diálogo para el posicionamiento de la Universidad española en todo lo que afecta al ámbito de la I+D y la transferencia de conocimiento, proporcionando una adecuada coordinación entre las políticas científicas de las distintas universidades. Con todo ello, facilita y fomenta el desarrollo de actividades conjuntas, intercambiando experiencias y promoviendo la investigación universitaria.
De la Comisión sectorial de I+D de la CRUE dependen dos grupos de trabajo: la RedOTRI,creada en 1997 con el objetivo de potenciar el desarrollo y profesionalización de las OTRI (oficinas de transferencias de resultados de investigación), y la RedUGI (Red de Unidades de Gestión de la Investigación), creada en 2006 con el objetivo de contribuir a mejorar la gestión de la I+D en las universidades españolas.