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La CRUE cuenta entre sus principales tareas la de servir de foro de diálogo a los responsables de la investigación y el desarrollo (I+D) universitarios y proporcionar una adecuada coordinación entre las políticas científicas de las universidades. Dicha tarea corre a cargo de su Comisión sectorial de I+D, formada por los máximos responsables de investigación de las universidades españolas: los vicerrectores de Investigación. Su objetivo es servir de foro de diálogo para el posicionamiento de la Universidad española en todo lo que afecta al ámbito de la I+D y la transferencia de conocimiento, proporcionando una adecuada coordinación entre las políticas científicas de las distintas universidades. Con todo ello, facilita y fomenta el desarrollo de actividades conjuntas, intercambiando experiencias y promoviendo la investigación universitaria.
La Comisión Sectorial de I+D se dota de una unidad técnica (la Oficina de I+D de las universidades españolas), cuyas funciones son:
 Proporcionar asistencia general a la CRUE en temas de I+D y transferencia de conocimiento
Elaborar informes de posición, estudios, análisis, etc. sobre cuestiones relacionadas con la I+D universitaria y la transferencia de conocimiento
Incentivar la participación de las distintas universidades españolas en programas
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internacionales, especialmente en el 7º Programa Marco de la Unión Europea
Implementar actividades de red (publicaciones, eventos, formación, encuestas, páginas webs, etc.) que contribuyan a mejorar la gestión de las actividades de I+D y la función transferencia en las universidades españolas
Contribuir a la difusión de la actividad investigadora y de transferencia realizada en el ámbito universitario, y a la promoción de la imagen de la Universidad española como principal agente generador de conocimiento en nuestro país
Atender consultas de investigadores, profesionales de I+D y otro personal universitario sobre temas de I+D y transferencia de conocimiento.
De la Comisión sectorial de I+D de la CRUE dependen dos grupos de trabajo: la RedOTRI, creada en 1997 con el objetivo de potenciar el desarrollo y profesionalización de las OTRI (oficinas de transferencias de resultados de investigación), y la RedUGI (Red de Unidades de Gestión de la Investigación), creada en 2006 con el objetivo de contribuir a mejorar la gestión de la I+D en las universidades españolas.
Declaración de la Comisión sectorial de I+D realizada en Murcia en octubre de 2008.
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