La principal fuente de financiación de CRUE procede del pago de las cuotas que las 77 universidades que forman parte de la asociación aportan anualmente, (artículo 28 de sus Estatutos) y además también recibe ayudas de entidades públicas y privadas.
En este sentido, en cumplimiento de lo dispuesto en el artículo 8 de la Ley 19/2013, de 9 de diciembre de Transparencia, acceso a la información pública y buen gobierno, CRUE pone a disposición de los ciudadanos la siguiente información:
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| Organismo | Concepto Subvención | Período | Importe |
| Ministerio Ciencia, Innovación y Universidades | Gastos de actividades y funcionamiento para el cumplimiento de los fines de interés público de CRUE. Enlace BOE | 2021, 2022, 2023 y 2025 | 70.000,00 € anuales |
Actividades recientes realizadas en colaboración con el Ministerio de Ciencias, Innovación y Universidades:
- CRUE firma acuerdos con Banco Santander y Ministerio de Universidades para lanzar las VII Becas para Erasmus y la I Edición de Microcredenciales universitarias
- El Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades y la CRUE impulsan la reforma de la evaluación de la investigación en España
- CRUE insiste en que para cubrir las necesidades de profesorado que exige la LOSU se requiere la participación de las CCAA en el plan del Ministerio
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| Organismo | Concepto Subvención | Período | Importe |
| Secretaría de Estado de Cooperación Internacional | Financiar actualizaciones relativas a la Encuesta AOD universitaria. Enlace BOE | 2024-2025 y 2025-2026 | 30.000,00 € anuales |
