Asamblea General
La Asamblea General constituye el máximo órgano de gobierno de Crue Universidades Españolas y está formada por los 76 rectores de las universidades que integran la institución. Se encarga de planificar la organización, el funcionamiento y las actividades de la institución. A través de sus acuerdos y declaraciones, la Asamblea da a conocer su posicionamiento sobre los diversos temas que afectan a la Educación Superior.
Comité Permanente
El Comité Permanente de Crue Universidades Españolas es el órgano que gestiona y representa los intereses de la institución de acuerdo con las directrices de la Asamblea General. Está compuesto por el Presidente, dos Vicepresidentes, cuatro Vocales, la Secretaria General y tres Vicepresidentes adjuntos -delegados del Presidente con capacidad ejecutiva y voz, pero sin voto-.